شيخ مفيد در شب جمعه سوم رمضان سال ۴۱۳ ق. در سنّ ۷۷ سالگى درگذشت. جنازه او را در ميدان إشنان بغداد به زمين گذاردند و به امامت سيّد مرتضى ۰۰۰, ۸۰ تن بر پيكر او نماز گزاردند و جنازه او را به مقابر قريش در كاظمين منتقل كردند و در جوار حضرت موسى بن جعفر و حضرت جواد عليهما السلام به خاك سپردند.
نقل كرده‏اند كه حضرت بقيّة اللّه الاعظم با دست مبارك خود اين سه بيت را بر روى قبر او نوشته‏اند:

لا صَوْت النّاعي‏ بِفَقْدِكَ إنَّهُ‏ _ يَومٌ عَلى‏ آلِ الرَّسُولِ عَظيمٌ‏
إنْ كُنْتَ قَد غَيَّبْتَ في جُدَثِ الثَّرى‏ -_ فَالْعَدلُ وَ التَّوحِيدُ فِيكَ مُقِيمٌ‏
وَ الْقائِمُ الْمَهْدِىُّ يَفْرَحُ كُلَّما _ تلِيَتْ عَلَيْكَ مِنَ الدُّروسِ عُلومٌ (۱)
{صدای آن‌که خبر مرگ تو را اطّلاع داد، به گوش نرسد؛ که مرگ تو روزی است که بر آل رسول مصیبت بزرگی است. اگر در زیر خاک پنهان شده­ای حقیقت دانش و خداپرستی در تو اقامت گزیده است. مهدی قائم خوشحال می­شد هرگاه تو در انواع علوم تدریس می­کردی.}

——————————————————-
۱) در اين بخش از كتب: الفهرست شيخ طوسى، مقدمه الامالى، مقدّمه الارشاد و… بهره برديم.