نام ایشان حجت بن الحسن هم نام و هم کنیه با پیامبر اسلام است. از پیامبر اسلام، حدیثی با این مضمون نقل شده‌است:

«مهدی از نسل من است. نام او نام من و کنیه‌اش، کنیه من است.»

محدث نوری (۱۲۵۴ – ۱۳۲۰ ق) در کتاب نجم الثاقب نام و لقب و کنیه ایشان را بدین فهرست نام می برد :

۱ – نام : محمد، حجت، احمد، اصل، جعفر، قائم، مهدی، هادی (در عربی) ، اوقید مو، فیذموا و ماشع (در تورات) ، مهمید الاخر (در انجیل) ، ایزد شناس، ایزد نشان، ایستاده، بهرام، پرویز، خجسته، راهنما، خسرو، زند افریس، فیروز و فرخنده (در کتب باستانی پارسی)، شماطیل، کوکما، لندیطارا (در دیگر کتب).

۲– لقب : امیر الامره، احسان، اذن سامعه، ایدی، بقیّه الله ، بئر معطّله، بلد الامین، برهان الله، باسط، بقیّه الانبیاء، تالی، تمام، تایید، ثائر، جمعه ، جابر، جنب، جوار الکنّس، حجّت الله، حق، حجاب، حمد ، حامد، خاتم الاوصیاء، حاشر، خاتم الائمّه، خازن ، خلف، خلف سلف، خلیفه الله، خلیفه الاتقیاء، دابّه الارض، داعی، رجل، ربّ الارض، السّلطان المامول، سدره المنتهی، سناء، سبیل، ساعه، سیّد، شرید، صاحب ، صاحب الغیبه، صاحب الزّمان، صاحب الرّجعه، صاحب الدّار، صاحب النّاحیه، صاحب العصر، صاحب الکرّه البیضاء، صاحب الدّوله الزّهراء، صاحب الامر، صمصام الاکبر، صبح مسفّر، صدق، صراط، ضیاء، ضحی، طالب التّراث، عالم، عزّه، عدل، عاقبه الدّار، عین، عصر، غائب، غلام، غیب، غریم، غوث، غایه الطّالبین، غوث الفقراء، خلیل، فجر، فردوس الاکبر، فرج المومنین، الفرج الاعظم، فتح، فقیه، قابض، قیامت، قسط، قاتل الکفره، قطب، قائم الزّمان، قیّم الزّمان، قاطع، کاشف الغطاء، کلمه الحق، کمال، کارّ، لواء اعظم، لسان الصّدق، مسیح الزّمان ، میزان الحقّ، منصور (در عربی) ، ایزد شناس، ایزد نشان، ایستاده، خداشناس، سروش ایزد، کی قباد دوم، (در کتب باستانی پارسی).

۳– کنیه : ابوالقاسم، ابوجعفر، ابو عبد الله، ابو محمّد، ابو ابراهیم، ابو الحسن، ابو بکر، ابو صالح،

شیعیان از بردن نام او نهی شده‌اند. اسم در لغت عرب به معنی علامت =نشانه است و هم نام و هم کنیه و هم لقب را در برمی گیرد . هدف این کار در منابع شیعه مانند کلینی، نعمانی و ابن بابویه (شیخ صدوق) حفاظت از ایشان از خطری است که از جانب عبّاسیان و دیگر دشمنان متوجه اوست. به بیان امروزین: از او به گونه ای سخن گفتن که مورد شناسایی دشمنان شود . این کار هم از دیدگاه عقل و خرد و هم از دیدگاه شرع و آیین حرام می باشد.